崔永元举办了一场名为“告诉真相”的节目后，即使您没有看过该节目，也必须有所了解。崔永元揭露娱乐行业的阴阳契约，这件事使每个人都认为崔永元还是小崔才敢说实话。实际上，崔永元比这更能说明事实。在崔永元之前与方舟子对抗的转基因事件引起了很多争议。在转基因的战斗中崔永元赢了吗？现在癌症太多了。它与转基因的产量有关系吗？如果与崔永元有关，但做得很好，谁敢现在吃饭？转基因食物。
2013年崔永元和有着打假大王之称的方舟子在微博上因为转基因食品的问题可是骂的不可开交，双方的脾气都是越骂越急，最后说了不少脏话，总的来说这件事情还是从方舟子身上衍生出来的，自己力挺转基因的方舟子不仅自己敢吃转基因视频，甚至还宣传转基因无害这一观念，这件事崔永元知道后就在微博上发表了一些自己的看法，总的来说就是反转基因，认为这种东西不好，于是两个人就怼了起来。
随着崔永元和方舟子的战况持续升级，双方都把彼此给告上法庭，经过长时间的审理，最终北京市海淀区法院一审判决崔永元删除法院认定的侵权微博、向方舟子赔礼道歉，赔偿方舟子精神损害抚慰金3万元及合理支出1万5千元，同时对崔永元的反诉，法院判决方舟子删除法院认定的侵权微博、向崔永元赔礼道歉，赔偿崔永元精神损害抚慰金2万5千元及合理支出2万元，从判决结果上来看双方是打平了。
实际上在转基因这场战斗中崔永元与方舟子看似平局其实是占上风的，因为崔永元这么一闹大家都不再相信转基因食品的安全问题，尤其是方舟子这么做的目的曝光后大家对他有了更多的质疑。现在的癌症实在是太多了，很多人都认为这和转基因农作物有关，其实也不能说的这么绝对，有些转基因食品确实存在安全的问题，但也不是所有转基因食品都是不好的，这也是有优缺点区分。
就在2002年，美国有30万农夫控告孟山都的转基因污染了天然作物品种，转基因种植造成土地恶化，环境污染，转基因公司剥夺了他们种植有机作物的权利，对此中国科学院植物所首席研究员蒋高明指责方舟子宣称转基因食品不仅无害，而且安全又环保，因为可以减少农药残留是没有任何科学依据的，其真实目的是为孟山都开脱，方舟子这么做的目的其实就是为了让自己获得更大利益。